A fertőtlenítés mellett a vegyszeres vízkezelés másik kiemelt feladata az algaölés. Az algaspórák a széllel vagy az esővel kerűlnek a medence vizébe, emiatt elsősorban kerti medencéknél elkerűlhetettlen az algásodási hajlam.
Az algásodást az állandó klórszint késlelteti, de megakadályozni nem tudja, mert a legtöbb algafajta ellenálló a klórral szemben, ezért feltétlenűl szükséges algaölőszer rendszeres adagolása.
Ezek a vegyszerek a víz Ph-értékét nem befolyásolják, de a többi vízkezelő szerhez hasonlóan csak a megfelelő ph-tartományban (7,2-7,6 között) hatásosak igazán.
Megfelelő fertőtlenítőszer-szint tartása mellett, a konkrét vegyszer utasításaitól függően 1-2 hetente adagolva, az algásodás elkerűlhető.
Erős napsugárzás, felmelegedő víz, növekvő ph-érték igen kedvez az algák gyors elszaporodásának.
A korszerű algaölők növelt adagolásával a már bealgásodott medencében is elpusztíthatók az algák.